熊文灿被指控的主要罪名包括“纵寇”(放纵郑芝龙等军阀)、“通敌”(与海盗勾结谋反)以及“指挥失当”(未能有效镇压农民起义)。这些罪名大多带有政治斗争的色彩,但也反映了他在治理上的失误。
据史料记载,郑芝龙对熊文灿的死感到震惊和悲痛。虽然两人之间存在利益冲突,但熊文灿是他能够合法化自身地位的关键人物。熊文灿的死,也让郑芝龙意识到朝廷的不可靠,从而更加坚定地走向割据自立的道路。
熊文灿被处死后,其家族受到了牵连,部分族人被流放或处死。然而,由于他在招抚郑芝龙时的功劳,其家族并未被彻底灭门。后来,随着清朝的建立,其部分后人可能重新获得了官职,但具体细节已难以考证。